В современных условиях Союз МКСО практическую деятельность своих членов и участников – муниципальных КСО, сосредоточил на решении задач активного участия органов муниципального финансового контроля в реализации долгосрочной бюджетной стратегии России, направленной на социально-экономическое развитие страны, финансовое и нормативно-правовое обеспечение механизмов их достижения и определенной в Бюджетном послании Президента Российской Федерации Федеральному Собранию Российской Федерации от 29 июня 2011 года «О бюджетной политике в 2012 – 2014 годах», внедрении аудита эффективности и стратегического аудита в практику МКСО.

В июле 2002 года на III Конференции Ассоциации контрольно-счетных органов Российской Федерации (далее – Ассоциация, АКСОР) в г. Кинешма Союз МКСО стал полноправным членом Ассоциации.

В 2007 году Союз МКСО в соответствии с Федеральным законом «О государственной регистрации юридических лиц» получил статус юридического лица.

Первым председателем Союза МКСО была Ирина Викторовна Можей – председатель Контрольно-счетной комиссии окружного Совета депутатов города Калининграда.

В 2006 году Союз МКСО возглавил Иван Григорьевич Дахов, ранее замещавший должность аудитора Счетной палаты Российской Федерации.

В 2010 году на IX Конференции Союза МКСО Председателем Союза МКСО избран Владимир Витальевич Астафьев - председатель Контрольно-счетной палаты города-курорта Сочи.

На юбилейной, посвященной 10-летию образования Союза МКСО, XI Конференции Союза МКСО в 2012 году председателем Союза МКСО избран Владимир Семенович Катренко – аудитор Счетной палаты Российской Федерации.

Председатель Союза МКСО осуществляет общее руководство деятельностью Союза МКСО и возглавляет постоянно действующий коллегиальный орган управления – Президиум. На 01.06.2013 г. Президиум Союза МКСО состоит из 18 человек. В их числе 8 председателей представительств Союза МКСО по федеральным округам и председатели рабочих органов (комиссий) Союза МКСО.

Председатель Союза МКСО с июня 2002 года является членом Президиума АКСОР. Представители Союза МКСО входят в состав всех комиссий АКСОР.

На 01.06.2013 г. в Союз МКСО входит 287 членов.

За 2002-2013 годы проведено 12 Общих собраний (Конференций) Союза МКСО в Калининграде, Сочи, Омске, Волгограде, Череповце, Тюмени, Белгороде, Казани, Сочи, Томске, Брянске и Санкт-Петербурге.

На ежегодных Собраниях определяются приоритетные направления деятельности Союза МКСО, подводятся итоги работы, проделанной Союзом МКСО, вскрываются недостатки и формулируются задачи по совершенствованию муниципального финансового контроля. Перед участниками ежегодных Собраний с тематическими докладами и сообщениями регулярно выступали Председатель Счетной палаты Российской Федерации, Председатель АКСОР С.В.Степашин, заместитель Председателя Счетной палаты и аудиторы Счетной палаты Российской Федерации, руководители органов государственной власти субъектов Российской Федерации.

Важное место в деятельности Союза МКСО занимают вопросы оказания помощи муниципальным контрольно-счетным органам в формировании и актуализации единой методической базы внешнего финансового контроля и активизация работы по обеспечению положений Федерального закона от 07.02.2011 г. № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований» в части обязательности создания контрольно-счетных палат в городских округах и муниципальных районах.

Материалы проведенных Союзом МКСО мероприятий регулярно публикуются в журналах «Финансовый контроль», «Вестник АКСОР», издаются отдельными брошюрами и размещаются в разделе Союза МКСО web-сайта Ассоциации контрольно-счетных органов Российской Федерации.

Союз МКСО активно способствует повышению квалификации сотрудников муниципальных контрольно-счетных органов. Только за 2008-2012 годы году на курсах повышения квалификации повысили свою квалификацию 595 сотрудников контрольно-счетных органов муниципальных образований. Обучение проводилось с участием руководителей и аудиторов контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований, сотрудников Счетной палаты Российской Федерации, руководителей органов исполнительной и представительной власти субъектов Российской Федерации, профессорско-преподавательского состава РАГС, РУДН и ведущих вузов г. Москвы.

В 2011 году практика сертификации контрольно-счетных органов по линии Ассоциации была успешно распространена и на муниципальный уровень - были сертифицированы Контрольно-счетная палата Волгограда и Контрольно-счетная палата городского округа город Воронеж. В 2012 году сертификацию прошли Контрольно-счетная палата города Новосибирска и Контрольно-счетная палата города Улан-Удэ. В 2013 году сертификацию прошла Счетная палата Города Томска.

В июне 2010 году при подведении итогов II конкурса АКСОР и Российского союза налогоплательщиков по присуждению премии имени В.А.Татаринова в номинации «Для юридических лиц» премия была присуждена Контрольно-счетной палате Волгограда (председатель – В.И.Гордин).

В декабре 2012 года при подведении итогов V конкурса АКСОР и Российского союза налогоплательщиков по присуждению премии имени В.А.Татаринова в номинации «Для физических лиц» премия была присуждена аудитору Счетной палаты Российской Федерации, председателю Союза МКСО В.С.Катренко.

Члены Союза МКСО принимают активное участие в ежегодных конкурсах АКСОР на звание «Лучший финансовый контролер России».

В 2009 году его лауреатами стали заместитель председателя Контрольно-счетной палаты города Иванова И.В.Дружкова (диплом II степени), председатель Контрольно-счетной палаты Миасского городского округа Челябинской области Б.Ф.Алеев (диплом III степени) и консультант Контрольно-счетной палаты г. Волгограда Н.В.Самарин (диплом III степени).

В 2010 году лауреатом IX конкурса АКСОР «Лучший финансовый контролер России» стала заместитель председателя - аудитор Контрольно-счетной палаты города Новосибирска А.П.Трегубова (диплом III степени).

В 2011 году лауреатами X конкурса стали заместитель председателя Контрольно-счетной палаты Волгограда А.Ю.Бондаренко (диплом II степени), и.о. председателя Контрольно-счетной палаты городского округа ЗАТО Большой Камень М.А.Барыкина (диплом III степени) и председатель Счетной палаты города Тюмени В.П.Казанцев (диплом III степени).

В 2012 году лауреатами XI конкурса в номинации «Лучший муниципальный финансовый контролер России» стали инспектор Контрольно-счетной палаты города Новосибирск О.С.Бранькова (диплом I степени), аудитор Контрольно-счетной палаты Петропавловск-Камчатского городского округа В.А.Кочеткова (диплом II степени) и руководитель экспертно-аналитического отдела Контрольно-счетной палаты города Иванова А.Н.Морозов (диплом III степени).

Союз МКСО принимает активное участие в подготовке предложений, направленных на формирование и развитие системы государственного и муниципального финансового контроля, совершенствование законодательства в сфере бюджетного процесса и бюджетного устройства, муниципального финансового контроля.

В последнее время все отчетливее видна тенденция включения муниципальных контрольно-счетных органов в процесс регионального сотрудничества. Следствием её стало создание региональных объединений (ассоциаций, союзов) органов государственного и муниципального финансового контроля под патронажем контрольных палат субъектов Российской Федерации. На 20.04.2013 г. их численность в субъектах Российской Федерации достигла 57 единиц.